ระบบเรือนจำของอิรักกำลังเผชิญวิกฤตความแออัด โดยมีผู้ต้องขังประมาณ 67,000 คนในเรือนจำทางการ 30 แห่ง ซึ่งสร้างขึ้นเพื่อรองรับเพียงครึ่งหนึ่งของจำนวนนั้น และยังมีผู้ต้องขังอีกหลายพันคนที่รออยู่ในการคุมขังของหน่วยงานความมั่นคง รัฐมนตรีกระทรวงยุติธรรมเปิดเผยว่าเมื่อเข้ารับตำแหน่งความแออัดอยู่ที่ 300% แต่หลังจากการปฏิรูปสองปีสามารถลดลงเหลือ 200% โดยตั้งเป้าหมายจะลดเหลือ 100% ภายในปีหน้า โดยการสร้างเรือนจำใหม่ 4 แห่ง เปิดเพิ่ม 2 แห่ง ขยายสถานที่เดิม 6 แห่ง และปิด 3 แห่งที่มีสภาพแย่
กฎหมายนิรโทษกรรมทั่วไปที่ผ่านในเดือนมกราคม และมีผลตั้งแต่กลางเดือนกุมภาพันธ์ ได้นำไปสู่การปล่อยตัวนักโทษมากกว่า 2,500 คน กฎหมายนี้เสนอโดยสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรชาวซุนนี เป็นเงื่อนไขในการเข้าร่วมกับพันธมิตรการบริหารรัฐของอิรัก รวมถึงการแก้ไขนิยามของการเป็นพันธมิตรกับกลุ่มติดอาวุธ ซึ่งถูกโต้แย้งว่านำไปสู่การจำคุกอย่างไม่เป็นธรรมตั้งแต่ปี 2003
ทางด้านการบริหารจัดการนักโทษ รัฐมนตรีกล่าวว่าการประหารชีวิตได้ถูกระงับไว้ ระหว่างการทบทวนคดีภายใต้การนิรโทษกรรม และการละเมิดต่อนักโทษกำลังได้รับการสอบสวน ระบบยุติธรรมยังคุมขังชาวต่างชาติ 1,600 คน ส่วนใหญ่ถูกตัดสินว่ามีความผิดฐานก่อการร้าย โดยมีการเจรจาส่งกลับประเทศกับหลายประเทศ การส่งกลับล่าสุดรวมถึงนักโทษชาวอิหร่าน 127 คน
